影片用雙線敘事，為我們展示了一場父子兩人共同成長的冒險。因為偉大的父愛，可以遠赴重洋，也要將你拯救。因為偉大的父愛，全世界都會伸出援手。尼莫的母親名字是珊瑚，是家的意思，她離開之后家庭就不再完整。同時這也在馬林的記憶中留下了陰影，所以害怕面對危險，同時也對尼莫過分的溺愛。而多莉和他剛好相反，她有失憶癥，所以能夠勇往直前。但也失去了對危險的畏懼，需要人的保護。直到馬林為了多莉穿越水母迷宮，他才真正的走出了回憶的陰影。愛可以讓人變得勇敢，直面內心的恐懼。多莉雖然有失憶癥，但卻可以記住對馬林的愛，證明愛是超越記憶的存在。尼莫在水箱中擺脫了父親的庇護，通過自己的力量回到了大海。只有自立才能讓孩子真正的成長。影片也再次討論了種族問題，當鯊魚因為鮮血暴走，暗示了和諧相處的表象下是根深蒂固的隔閡。